יפו היא אחת הערים הקדומות בים התיכון ויש האומרים עיר הנמל העתיקה מכולן (אם כי המחקר הארכיאולוגי על פי פרופסור איתן איילון ממוזיאון ארץ ישראל אומר כי : אשקלון ואולי עכו נוסדו כבר בתקופת הברונזה הקדומה, יבנה-ים וכנראה אכזיב בתקופת הברונזה התיכונה 2א, כ-200 שנה לפני יפו) הלבנונים אומרים שביבלוס- גבל הקדומה, עתיקה ממנה, זה כניראה ויכוח עתיק ולא פתור אם כי נוטה (לפחות מבחינת חשיבות הזיכרון ההיסטורי והממצאים לגבל (המקום בו הומצא הכתב הפיניקי- מקור הא-ב' שהעברי, מקום שנתן את שמו לגבילים-מגילות, לתורה ביבלוס –בייבל). בכל מקרה - שני הנמלים ראו לא מעט גלים.
לפי גירסה מקומית וגאה במיוחד, נקראת העיר על שמו של יפת בנו נוח וראשיתה אחרי המבול (פליניוס הזקן שנספה מול פומפי טוען שנוסדה עוד לפני המבול ומקנה לה עתיקות יתר). אם כי נידמה ששמה של העיר קשור לאלוהות קדומה שכן שהמסורת ההלניסטית מייחסת את השם "יפו" ל"יופיאה"- קסיופיאה אשתו של קיפאוס ואמה של אנדרומידה. המיתולוגיה היוונית שמזכירה את השמות והתארים, מצטטת אלים קדומים של העיר.
בכל מקרה, המקורות השונים של השם מעידים שהעיר היתה תמיד מקום בו התערבבו דברים שהגיעו מהמזרח (שכן מיתוס המבול מקובל ברוב התרבויות האסיאניות של הסהר הפורה), עם מסורות ואגדות שבאו ממערב.

בחירת המקום

החוף הישראלי לא משופע במעגנים טבעיים ולכן במשך ההיסטוריה התנקזה התנועה הימית למספר קטן של מקומות בהם אפשר היה לעגון ואחר כך לבנות נמל. המקומות המרכזיים לאורך החוף היו (ונישארו):
אכזיב, עכו, חיפה, עתלית, דור, תל קסילה, יפו ואשקלון. תנאי החוף ומיפלס הים השתנו מעט באלפי השנים האחרונות.
יפו היא מקרה ייחודי של צוק סלע שגובהו 40 מטרים מעל הים שלמרגלותיו, מבוצר מספיק מצד אחד וקרוב דיו למעגן הטבעי שנוצר בגלל התנאים הטבעיים של החוף.
מצוקים נישאים יש בעוד מקומות לאורך החוף הישראלי - (אשקלון, תל מיכל בהרצליה, אפולוניה- ארסוף) אלא שלאף אחד מאלו שהוזכרו אין מעגן טבעי מתחת לרגלים –ואלו שיש להן מעגן טבעי וחשוב כמו יבנה ים ליד פלמחים, ודור שהיו בהן נמלים פעילים (דור שוקעת כשקיסריה מוקמת), לא היה מבוצר או ממוקם כיפו.
ייתרון וסיבה נוספת לייסודה של העיר במקום בו יוסדה, היא המעיינות שנבעו למרגלות הגבעה (ליד מסגד המחמודיה וסביל אבו נבוט שליד כיכר השעון של יפו).
מעגנה של יפו נוצר, כי כאן, פחות או יותר במרכז החוף הישראלי – אם סופרים כ-100 קילומטרים דרומה עד עזה, ועוד מאה צפונה עד לחיפה, מסתובב קו החוף שכיוונו בדרך כלל צפון-דרום, ופנה בחדות לכיוון מזרח, יוצר מעין ברך.
בימים קדומים יותר המשיך כניראה החוף צפונה בצורה של רכס כורכר (כאותו רכס שעליו בנויה יפו העתיקה). אלא שמשום עליית מפלס פני הים והתמוטטות הרכס, מה שנותר ממנו הוא שורת סלעים (שוניות, כפים) שממשיכים צפונה ורק ראשיהם בולטים מעל המים.
הרכס הטבוע שמסמן את קו החוף הקדום, יצר בריכה, או שורת בריכות מוגנות ממפץ הסערות במרחק של כ-50 מטרים מהחוף.
זה המעגן הטבעי של יפו שמעליו מתנשאת הגבעה של יפו.
המעגן העתיק הזה, ביחד עם הגבעה שמתנשאת מעליו, משכו את התושבים הקדומים. אל הביצור הטבעי של הגיבעה ואל קרבת הים, יש לצרף את ביצות האיילון (ואדי מוסררה) שחסמו את הגישה אל גבעת העיר ממזרח. הביצות, שעד אליהן זרם האיילון בלי פירצה לחצות את רכס הכורכר, עמדו במימיהן כל חורף עד לשנות החמישים של המאה העשרים.
תחת שטח הביצה ("בסה") שיובש, נבנה אצטדיון בלומפילד.
מצפון ליפו השתרעו חולות שהיקשו את המעבר אל העיר והדרך שיצאה ממנה מאז ומעולם, נעה מזרחה במעין מסדרון בין החולות, חוצה את רכס הכורכר במקום הנמוך שלו (אזור רחוב הרצל של היום) ועוקפת את הביצות מצפון.
דרומה מגבעת העיר נמשך חוף מפורץ למשך כמה קילומטרים עד לחופים הפתוחים שנמצאים היום בין בת ים לפלמחים.
בין רכס הכורכר הקרוב לים וזה שאחריו משתרעת מרזבה (בין שדרות ירושלים ורחוב בן צבי) שהיתה עד אמצע המאה ה-20 הגב החקלאי אבל גם אזור הביצות, הציפורים, התמסחים והדגים של העיר.
היום כל מה שנותר מהעיר העתיקה בת למעלה מ-5000, הם השרידים המעטים בחלק המזרחי של גן הפסגה, והחפירות של השרידים המעטים שנותרו מהעיר העתיקה באמת מתחת לכיכר קדומים ביפו העתיקה.

תמונה פנורמית נאה שמסבירה את אופיה של יפו בבהירות אפשרית במבט מהים אל היבשה (יש כמה סירות תיירים שמפליגות מחוץ לנמל יפו). מהים אפשר לראות שהחוף יוצר כעין בטן שיוצאת לתוך הים, ומעליה מזדקר רכס הכורכר מכוסה בבתים צפופים, מגן מפני הרוחות הדרום מערביות שמערמות גלים וסערות. קו השמים סדוק צריחים של כנסיות ומסגדים. העיר מתנשאת מעל הנמל שהפסיק לשמש כנמל מסחר ומשתקם למרינה של דייג, שייט והפלגות עינוגים. בתוך המבוך של העיר העתיקה ששוקמה, יש רובע אומנים ומועדונים וחנויות לתיירים וכנסיות שהחלל שלהן משמש למוסיקה דה קמרה. מול הקצה הצפוני של הנמל עומד מגדלור קטן על סלע אנדרומדה. שומר על הסלע והסיפור. ביום שקט אפשר לצאת דרך שיני הסלעים שבהמשך לשובר הגלים אל הים הפתוח. אפשר גם לצלול בין הסלעים, העומק הוא בין ארבעה וששה מטרים. יש שםן כמה שרידים של ספינות שהתנפצו עליהן ולפעמים באים לשם דגים. מושטים ובורים. כמו שדגים תמיד אוהבים לבוא לסלעים.

יפו, היסטוריה קצרה

מצרים: ראשיתה של העיר יפו (על פי המימצאים האריכאולוגים) במאה ה- 18 לפנה"ס, כאשר בוצרה הגבעה הרמה בסוללות ובחומות. ייתכן שהתפתחות העיר היתה משום צורך מצרי במעגן על נתיב המסחר שבין החוף הסורי ומצרים. בחפירות התגלו באתר חרפושיות, כלי נשק וחרסים.
כשלוש מאות שנה מאוחר יותר, נזכרת העיר ברשימת ערים שכבש תחותימס השלישי בארץ ישראל במסעו צפונה. "פפירוס האריס" שנכתב כמאתיים שנה לאחר המסע, מתאר את הכיבוש. העיר נזכרת על ידי מקורות מצרים גם במאה ה- 14 לפנה"ס במכתבי אל עמרנה ומאה שנה מאוחר יותר בפפירוס אנאסטזי (מאה 13 לפנה"ס). רשומות מצריות אלו, הנמשכות על פני חמש מאות שנה, מבהירות את חשיבותה הרבה של יפו כמעגן המשובח הקרוב למצרים, סיבה טובה מספיק עבור המצרים להקים בה מצודות.
תחותימס. לפני שלושת אלפים וארבע מאות שנים עמד מול חומות העיר, מתחת לחלקלקות האדירות שנבנו על הסלע הזקוף הקרוב לים שתחתיו מעגן טבעי, מלך מצרי שצעד לאורך החוף של צפון סיני והיה בדרכו ליסד אמפריה. הרבה שנים הוא חיכה לאמפריה ולמסע המלחמה. במשך עשרים שנים החזיקה את המלוכה אימו החורגת. חאתשאפסות. מלכה אמיתית בזכות עצמה. ואולי בזכות סננמוט שהיה מאהב מלכותי ואדריכל גאון. אחד משניהם הגה את רעיון האובליסק שהוא החינני מבין כל החודים הפונים אל השמיים והמיוחד שבהם. סננמוט הוא זה שתכנן את ארמון הקבר הניפלא של חאתשאפסות בעמק המלכים שעל אחד מקירותיו מצוירת ספינה מצרית המפליגה לארץ פונט האגדית שבאפריקה, משם הובאו עצי הלבונה מהם יוצרה הקטורת וחומרי חניטה. תחותימס, שלא היה אדריכל, השקיף צפונה אל הביצות שסביב לירקון שזורם מצפון. להקות ברווזים, חזירים, ג'מוסים וציפורים נודדות התרוממו מהן במשק כנפיים. אין מעגנים טבעיים אחרים עד ליפו למי שבא מסיני וממצריים. המלך היה בדרכו להלחם בברית ערים כנעניות שהקיפה את כל ארץ ישראל לבנון וסוריה. הקרב יערך במגידו שבעמק יזרעאל. השנה היתה 1483 לפני הספירה. הוא רצה לקבוע את גבולות מצריים רחוק בצפון. ויפו, המעגן הנוח היחיד לאורך החוף, עמדה מבוצרת בדרכו. כל יום שעמד לפני החומות החסונות, נתן זמן לאויביו לארגן את הבריתות, להטריד את קווי האספקה הארוכים של הצבא. הוא היה זקוק לניצחון מהיר שלא יתיש את הצבא. הצבא הקיף את העיר. העיר הסתגרה בתוך עצמה, זקיפים דרוכים על החומות החסונות, השמן רותח, מקפץ בעצבנות על אש קטנה. הזפת רחש בעיגולים שחורים. אבני כורכר גדולות שנחצבו מהרכס עליו בנויה העיר נערמו במקומות המיועדים מעל החלקלקות, מחסני המזון הוכנו למצור ארוך. ורעש החיילים המשחיזים את ראשי החיצים וחורפות החניתות ניסר את אויר הלילה החמים. אבל היום שהאיר למחרת הפתיע את יושבי העיר. מערער את מוכנותם.
כבר מרחוק, מהשדות שסביב לעיר, יכלו לראות משלחת שלום מתקרבת עמוסת מינחות ופיוס אל החומות. שליחים של המלך המצרי הזמינו את שליט העיר לפגישה של רעות ושלום.
עם צהריים נפתחו שערי העיר והמושל, מלווה ביועצים ושומרי ראש, רכב אל אוהלו של תחותימס השלישי. השערים הוגפו מאחורי פמליית המלך ומפקדי הצבא הונחו להילחם באם יקרה משהו למלך העיר ולטבוח את בני הערובה המלכותיים שהפקידו את עצמם בידי שליט העיר על ידי תחותימס.
השליט המצרי, לבוש בשימלה לבנה קצרה ועל ראשו כתר מצרים העליונה והתחתונה, למותניו חגור הזנב ומטה הפפירוס בידו, קיבל את פניו של מלך יפו. הוא העניק זהב שבא מפונט וכסף מכוש, טורקיז וכלי נחושת מסיני. לאחר חילופי המתנות, הביאו פלגשים את היין בנאדות עור ובכדי חרס ואלבסטאר. ואחר כך הובאו האווזים והאיילים שניצודו בביצות הירקון שהזכירו למלך המצרי את ביצות הנילוס בקרבת לוקסור. ושוב יין. מנגני הנבל והמחללים נגנו את כל המנגינות האבודות שספני יפו ספרו שמנגנים בארמונות מצרים. וכשירד הערב, שקע מלך יפו וכל הפמליה בשינה כבדה של מי שאכל אוכל נפלא ושתה יין אדום וכבד. תחותימס הפקיד חיילים לשמור על האוהל, וסלים כבדים הועמסו על חמורים שניצבו לפני המחנה. השיירה התנהלה אל חומות העיר, עולה אל השערים הסגורים. השומרים דרשו לדעת מה יש בתוך עשרות הסלים הכבדים שנקלעו בעמק הנילוס והובילו את אספקת הצבא. המחמרים הרימו את מכסי הסלים והראו להם את אריגי הכותנה ואת מתנות הזהב הכסף והאבנים הטובות, את המנגואים שהבשילו רק עכשיו ואת התנינים החנוטים. השערים נפתחו והסלים הכבדים הוכנסו אל העיר, מובלים בשיירה מוגנת אל ארמון המלך, כורתים ברית שלום ומתנה בין המלך המצרי הצעיר לשליט העיר הימית.
כשהאפילו השמים והסמטאות שסביב לארמון החשיכו, נפתחו בזהירות, כאילו מעצמם, מכסי הסלים, ומאתיים חיילים נובים, אפלים כמו הלילה, הגיחו מהם. הם התגנבו לאורך הסמטאות אל השערים, הפתיעו את השומרים הנדהמים ופתחו את דלתות העץ הכבדות. ההפתעה היתה מלאה. באוהל המישתה ישן המלך היפואי שנת שיכורים כבדה, נוחר בפה פעור וזבובים שבאו על אוכפי הסוסים ממצריים מזמזמים סביבו. כשהתעורר ביום שלאחריו, היתה כבר העיר כבושה בידי חייליו של תחותימס ושעריה שרופים. שנים רבות לאחר מכן, יספרו ספורי אלף לילה ולילה על שודדים המנסים להתגנב בכדי שמן לביתו של עלי באבא באותה הדרך. מהעיר שכבש תחותימס לא שרד דבר. רק כמה קירות חפורים בתוך הגן שמעל הנמל טומנים בתוכם את הסיפור.

פלישתים: ניראה שאת מקומם של המצרים תופסים הפלשתים. שבטי ישראל (מאה 12 לפנה"ס) לא מצליחים לכבוש את יפו וכניראה שעד הכיבוש האשורי (701 לפנה"ס) זוהי עיר הנמצאת בחסותם של מלכי אשדוד. מאותה תקופה נתגלו בעיר ביצורים חזקים, כיאה לעיר מסחר מרכזית בחוף הישראלי, ועל חשיבותה כעיר סוחרת יעיד ספורו של יונה הנביא: "ויקם יונה לברוח תרשישה מפני ה' וירד יפו וימצא אונייה באה תרשיש ויתן שכרה וירד בה לבוא עמהם תרשישה..."

פיניקים: לאחר שנכבשת האמפריה הבבלית על ידי הפרסים, הם מוסרים את העיר למלך צידון הפניקי, שכן הפינקים היו יורדי הים של האימפריה הפרסית. דרך נמלה של יפו הובלו הארזים לבניית המקדש השני.
עם הכיבוש ההלניסטי (סוף המאה הרביעית לפנה"ס), הופכת העיר, כשאר ערי החוף, לעיר מעורבת, ומאותה תקופה נזכרת העיר בשמה ההלניסטי: יופה- על שמה של יופה בת איליאוס.

יהודים: בזמן מרד המקבים התנכלו תושבי העיר ההלניסטים ליהודים והטביעו כמה מאות מהם בים. כתגובה פשט יהודה המקבי על העיר והשמיד את הנמל ואת הספינות. יונתן, אחיו ויורשו, כבש שוב את העיר.
"ואנשי יפו עשו מעשה מתעב זה בקראם ליהודים היושבים בקרבם לרדת הם נשיהם וטפיהם אל הסירות אשר הכינו כאלה אין בלבם כל שנאה אליהם . כי אם עשו זאת בדעת כל העיר . וכאשר קבלו עליהם ברצותם ליהיות בשלום ולא היה להם כל חשד ויוליכו אותם אל תוך הים ויטבעו אותם ( והם) לא פחות ממאתיים נפש .
וכשמע יהודה על האכזריות אשר נעשתה לבני עמו ויעור את האנשים אשר אתו ויקרא האלוהים שופט הצדק ויעל על רוצחי אחיו ויטל בלילה דליקה בחוף ואת הסירות שרף ואת הנמלטים שמה המית " ספר מכבים ב' 12 3-6
יפו היא המוצא ההגיוני אל הים למי שירושלים היא הבירה שלו. על פי עדותו של אבו ג'ורג' הארמני, שסבו הובא מירושלים ב- 1875 כדי להיות איש המגדלור שבנתה החברה הצרפתית ביפו, תפקיד בו החזיק אביו עד 1966: מי שהיה הולך לרמלה, היה יורד בנמל עזה, מי שהיה בדרכו אל הצפון היה יורד בקיסריה ומי שהיה בדרכו אל ירושלים, היה יורד בנמל יפו. דברים השתנו מעט בארץ עד לקומה של מדינת ישראל.
יפו נכבשה וסופחה לממלכה החשמונאית על ידי שמעון החשמונאי במאה השניה לפני הספירה, למעלה ממאתיים שנים לפני שחרב בית המקדש השני. פתח נחוץ אל הים לביסוס עצמאות יהודית החדשה. פומפיוס הרומאי שהגיע לארץ ב- 63 לפנה"ס החזיר את השלטון ביפו לאוכלוסיה לא יהודית, אם כי רוב יהודי נשמר בה והורדוס פרס עליה את שלטונו פחות מעשרים וחמש שנים לאחר מכן (38 לפנה"ס). מכיוון שרומא היתה האמפריה הקובעת באותו הזמן, הרי רק אחרי שאוגוסטוס קיסר סילק את אנטוניוס וקליאופטרה ממצרים, התאפשרה שליטה יהודית אמיתית בחוף הישראלי בערים עזה, אנתדון, קסריה ויפו.
המרד השני (הגדול 66-73 לספירה) בתחילת המרד הגדול פשטו עליה הרומאים מהים והיבשה, כובשים אותה בקלות.
יוספוס פלאביוס (יוסף בן מתתיהו) מתאר את יפו בזמן המרד
( תולדות מלחמות היהודים עם הרומאים. ספר שלישי, פרק ט, ב-ד.)
"בימים ההם התקבצו אנשים רבים, אשר גורשו מן הערים לרגל המלחמות מבית ואשר נמלטו ממהפכת האויב, ובנו את העיר יפו ההרוסה לעיר משגב להם. יען אשר נבצר מהם לפשוט על מקומות היבשה, אשר נלחמו עליהם האויבים, על כן שמו את פניהם לשוד הים. הם בנו להם ספינות שודדים רבות והרבו לעשות שוד וחמס בדרכי הים בין סוריה וכנען ובין ארץ מצרים, עד אשר לא יכלה עוד אוניה להפליג בים הזה מפחדם וממוראם. וכאשר הגיע שמע עלילותיהם לאזני אספסינוס, שלח על יפו אנשי-צבא רוכבים ורגלים, והם באו אל העיר בלילה, כי לא נמצא בה משמר, יען אשר שמעו בני העיר, כי צבא הרומאים הולך וקרב ולא נועזו לעצור את שונאיהם ביד חזקה, רק ברחו אל אניותיהם ולנו שם, הרחק ממטחוי קשת.
ולעיר יפו אין נמל טבעי, כי שפת הים היא שם כמעט שורת רכסים ישרה, ורק משני קצותיה היא מתעקלת מעט. שתי הקרנות האלה הן צוקי סלעים גבוהים וראשי סלעים בולטים אל תוך הים, ושם נראו עוד כבלי אנדרומדה ומעידים, כי ספור הפלא הזה עתיק הוא לימים, ורוח הצפון סוער בכח לקראת החוף ומעלה משברים חזקים לפני הסלעים העומדים לו למעצור! ועל כן קשה מפרץ הים הזה ליורדי האוניות מרחבי הים. במקום הזה עמדו הפעם אנשי יפו בספינותיהם, ופתאום קם עליהם רוח סערה לפנות בוקר, הוא הנקרא בפי יורדי הים הזה בשם "רוח הצפון השחור", והטביע ספינות רבות בהתנגחן אשה עם רעותה, וספינות אחרות ניפץ אל הסלעים. ורבים לא מצאו עצה בלתי אם להמלט נגד הזרם אל לב הים, כי יראו מצוקי הסלעים אשר בחוף ומהרומאים העומדים עליהם, ושם כיסו עליהם גלי הים, אשר עלו למרום בסערה. ונוראה היתה צווחת האנשים בהתנגח הספינות ביניהן, ונורא היה קול נפץ הספינות, רבים נפלו על חרבם, כי קל היה להם המוות הזה מרדת אל מצולת הים. אולם רוב האנשים נסחפו בזרם הים ונפצו אל צוקי הסלעים, עד אשר אדם הים מדמם למרחוק, והחוף מלא חללים. וכאשר חתרו הפליטים והגיעו אל החוף, קמו עליהם הרומאים והמיתום. ואחרי אשר כבשו הרומאים את העיר בלי מלחמה הפכו אותה לשממה."

רומא : העיר הפכה לעיר אוטונומית בעלת אוכלוסייה מעורבת כרוב הערים ההלניסטיות של ארץ ישראל. במאות הראשונות לספירה שמשה יפו כנמל עקרי לבאים וליוצאים ליהודה בעיקר משום שהנמל שבנה הורדוס בקיסריה שקע ויצא מכלל שימוש עד לתקופה הבזנטית.

נצרות קדומה: בבית שמעון הבורסקאי שביפו התגורר פטרוס הקדוש, והשיב מן המתים את טאביתא.
במקרה אחר שקורה בבית שמעון הבורסקאי, מופיע בחלומו של פטרוס מלאך, מצווה אותו לאכול מ"כל בהמת הארץ וחיה ורמש ועוף השמים". פטרוס מוחה כי מעולם לא אכל "פיגול וטמא" ונענה כי "את אשר טיהר האלוהים אתה אל תטמאנו". (ראה בהמשך כנסיית פטרוס הקדוש, כיכר קדומים ובית שמעון הבורסקאי)
ביתו של שמעון הבורסקאי מקודש לנצרות, למרות שהנצרות בראשית דרכה לא הצליחה מאוד ביפו, ורק במאה ה-5 יש רשומות של קהילה המונהגת על ידי בישוף .

תקופת המשנה והתלמוד: בתקופת המשנה נזכרים מספר חכמים וביניהם ר' אחא, ר' תנחום דמן יפו, ור' יודן בן טרפון.

בתקופה הביזנטית (מאות ד'-ז' לסה"נ) מתארים הנוסעים המגיעים ליפו עיר נמל משגשגת המשמשת כנמל מוצא לנמלי הים התיכון ומרכז מסחרי חשוב.
על חלקה של הקהילה היהודית ביפו מספרות שבע מצבות יהודיות בנות התקופה שנלקחו ע"י הברון יוסטינוב שהיה בין מייסדי המושבה הגרמנית והוחזרו מאוסלו ב- 1974.

ערבים : יפו היתה עיירה קטנה ולא חשוב בתקופה הערבית הקדומה. הכיבוש המוסלמי של הארץ בשנת 638 הביא לירידתה, ואוכלוסייתה, כמו גם חשיבותה, נדלדלו מאד, הערבים ייסדו את רמלה כבירת הארץ והדרך הראשית חיברה את יפו ואת רמלה. יפו, למרות שקיעתה, המשיכה לתפקד בתור הנמל המוביל לרמלה וממנה לירושלים. יפו נזכרת בכתבי הגיאוגרף הערבי אל מוקדסי במאה העשירית ככפר גדול ונמלה של רמלה.
. במסמכי הגניזה הקהירית מאותה תקופה נזכרת קהילה יהודית ביפו.

צלבנים : המוסלמים הרסו את העיר כדי למנוע את היאחזות הצלבנים בה. לאחר הכיבוש הצלבני (1099), הפכה יפו לנמל העיקרי המוביל לירושלים. מכיוון שהצלבנים נשענו על אספקה ותיגבור ימיים מאירופה – חיזקה הפעילות את עיר הנמל וחלק גדול ממבני העיר העתיקה של היום הם צלבנים או נבנו על בסיס התקופה. לסלעים החדים המצויים בסביבות נמל יפו יצא שם רע, לאחר שב-1102 טרפה סערה אוניות רבות, וכאלף צלבנים טבעו בים. הנוסע היהודי רבי בניימין מטודלה ביקר ביפו ב-1173 ומצא בה יהודי אחד המתפרנס מצביעה.
בשנת 1187 נפלה יפו בידי סאלח א-דין וחזרה לשטח הממלכה הצלבנית בשנת 1191 לאחר קרב שלא הוכרע ביער השרון בינו לבין ריצ'רד לב ארי האנגלי. הסכם שלום נחתם בין השניים ביפו ב-1191. על פי ההסכם נשארה יפו מוסלמית אבל מהנמל לירושלים ולפנים הארץ הובטח מסדרון נוצרי. העיר נשארה בשליטה נוצרית לאחר הקרב בעיקבות פעולה התקפית אותה ביצע ריצ'ארד לב הארי לפני שחזר לאנגליה.
בין מאי 1252 ליוני 1253 השלים ג'והן מאיבלין את ביצור העיר התחתונה והמצודה בעזרת אביריו של המלך הצרפתי לואי ה-9 . ביצור העיר לא הועיל להרבה זמן שכן ב- 1268 כבש הסולטן הממלוכי בייבארס את יפו.
גם לאחר שנכבשה עכו על ידי יורשו של באייברס – קלאון, ומנהיגיה עברו לקפריסין, נקראו הנסיכים הצלבנים שישבו קפריסין "נסיך יפו".

ממלוכים: יפו ממשיכה לשמש כנמלה של בירת הארץ המוסלמית - רמלה.
בתחילת המאה ה-14 (1321) מתאר הגיאוגרף הערבי אבו אלפידה את העיר: "עיר קטנה ונעימה, מבוצרת היטב, בשווקים מבקרים סוחרים רבים, ובנמלה עוגנות אניות הבאות אל ארץ-ישראל, וממנה יוצאים נוסעיהן אל כל הארצות".
אולם בשנת 1330 היא נהרסת כליל על ידי השלטונות מחשש למסע צלב נוסף, ועל העיר והנמל מופקד משמר המשתכן במגדלים של המצודה ההרוסה. כאשר הגיעו לנמל אניות עם סחורות וצליינים הם הוכרחו לחכות עד שיגיעו הפקידים מרמלה או עזה. אז הם הורשו לפרוק את הסחורות ולהמשיך בדרכם לירושלים - לאחר תשלום מס.

טורקים : הכיבוש העותמני (1517-סלים "הזועף") לא הביא לשינוי במצבה של העיר. רק בשנת 1654 נבנה בה "ההוסטל הלטיני" על-ידי מסדר הפרנציסקנים שהיו אחראים על ענייני הנוצרים בארץ הקודש (מספר שנים קודם לכן ב – 1642, נעשה ניסיון לבנות הוסטל דומה בפתח "המערות" ששימשו לאכסון הצליינים עד הגעת הפקידים מרמלה או עזה, אלא שהבית זה נהרס בצו המושל). לידו הוקמו המנזר הארמני והמנזר היווני-אורתודוקסי ששימשו גם כהוסטלים. הקמת המבנים שימשה כגרעין מימסדי בעל הון חיצוני להתרחבות יישוב הקבע ביפו. בסוף המאה ה- 17 היתה התאוששתה של יפו ניכרת לעין כתוצאה מהגעת צליינים נוצרים ויהודים לנמלה. העיר התפתחה במרוצת מאה השנים הבאות ועל עלייתת חשיבותה מעידות המלחמות בהן עברה מיד ליד בין שליט הארץ הבדואי הגלילי דאהר אלעמאר ואבו ד'הב המצרי. רוב מבני העיר העתיקה של יפו הן מהתקופה הזו.
מאות 17-18: תחילת יישוב הקבע ביפו ויחסי הידידות בין הממלכה העותמנית וצרפת השפיעו על הגידול בתנועת הסחורות בנמל. כך אנו מוצאים ביפו במאה ה-י"ח יישוב מגוון של מוסלמים, נוצרים, אירופאיים ויהודים מועטים. ב-1746 נוסף ביפו חא'ן יהודי ובאמצע המאה יפו הייתה כבר עיר מוקפת חומה. בשנות השבעים של המאה סבלה ממלחמות בין השליטים המקומיים ובשנת 1776 היא נכבשת על-ידי אבו ד'האר שטבח בתושביה.

נפוליון:

משום מה הפך נפוליון לדמות מזוהה עם יפו למרות שהעיר לא רוותה ממנו נחת. הוא אולי המבקר המפורסם מכולם למרות שקדמו לו רעמסס ה-2, הורדוס, פומפיוס, החשמונאים, פטרוס, ריצ'ארד לב הארי, סלאח א-דין, ביבארס, סלים הזועף ואחרים.
אולי בגלל שהמסע הצרפתי של סוף המאה ה-18 מסמל במזרח (בעיקר דרך עיניים אירופאיות) את התעוררותו.

נפוליון בונפרטה נחת באלכסנדריה ב-1.7.1798 בראש צבא בן 40,000 לוחמים ואנשי שירותים, מודדים ומדענים. הוא השתלט על מצרים לאחר סידרת קרבות קצרה בה ניפץ את הצבא הממלוכי. הוא הפגיש את ארץ הנילוס בפעם הראשונה עם תרבות אירופית ורעיונות חירות ומדעים, ייבא את שמפוליון כדי שיפענח את אבן הרוזטה וכתב החרטומים ואת ז'קוטיין (Jaquotin ) כדי למפות את הארצות שלא מופו מעולם בידי איש מקצוע מודרני, והעביר אובליסק לכיכר הקונקורד בפריז.
הנחיתה במצרים לא נשאה את דגל הפצת המהפכה. נפוליון הגיע לחלק זה של העולם כדי לאיים על הקיסרות הבריטית, שהקשר למושבותיה באפריקה ובמזרח עובר דרך מצרים, ומכיוון שמועצת המהפכה בפריז חששה מפני עלייתו המהירה. נפוליון הגה רעיון לחפור תעלה שתחבר את ים סוף עם הים התיכון, רעיון שימומש חמישים שנה לאחר שייעלם מהאזור. ממשלת הרפובליקה הצרפתית הצעירה הטילה עליו לכפות על בריטניה חתימה על הסכם שלום כדי שירווח לכלכלה הצרפתית. הצי הצרפתי בן מאות האוניות יצא מנמלים בדרום- צרפת, הפתיע את הצי הבריטי שחיפש אותו, השתלט על מלטה בעזרת האבירים הצרפתים שבאי והצליח לנחות בחופי מצרים ללא הפרעה, עולה עם ספינות דרך הנילוס בעוד חלק מצבאו מבוסס בחולות המידבר. נפוליון קיווה שיוכל לכרות ברית עם התורכים נגד האנגלים. תקוותו התבדתה.
יתרה מכך, חודש לאחר שנחת עם צבאו, הושמד הצי הצרפתי הלוחם בקרב עם שייטת בריטית בפיקודו של אדמירל נלסון במפרץ אבו-קיר שבמבואות אלכסנדריה ( 1.8.1798) מותיר את נפוליון אסיר בממלכה אותה כבש.
בסתיו של אותה שנה, באוקטובר, ידע נפוליון שעם שוך עונת סערות החורף, יפליג צי בריטי עמוס בגייסות תורכיים כדי לנחות במצרים, בעוד צבא יבשתי, מורכב מחיילים מסוריה ואנטוליה, ירד בדרך החוף הישראלית כדי להיות זרוע נוספת במלקחיים שימחצו את חיל המשלוח הקטן שלו, שאינו יכול לקוות לתגבורות נוספות לאחר שהושמד הצי.
ומה חיפש נפוליון? האם ניסה, כטענת אויביו, לפרוץ לעבר קיסרות אסיאנית אדירה, או לאגף את אירופה, תוך שהוא כובש את קושטא ווינה ממזרח, או שמסעו נועד רק לפגוע בבריטים? סידני סמית, האדמירל הבריטי, חשש מפני כוונותיו של נפוליון. נפוליון עצמו אמר לקציניו שש שנים מאוחר יותר, ב-1805, ערב קרב אוסטרליץ: "אילו הייתי כובש את עכו באותם ימים, הייתי הופך לקיסר המזרח וחוזר לפריז דרך קושטא." חיל המשלוח היה קטן מדי. הסיכוי היחיד של נפוליון היה אם יצליח לגייס לצבאו את תושבי הארץ ואת הצבאות הפרטיים. כשנחת במצרים הצהיר שהוא מוכן להתאסלם על- מנת למשוך את תושבי הארץ לצידו. פעולה אותה עשה אל ג'זאר חמישים שנה לפניו ממניעים דומים. נפוליון הבין שעל-מנת למנוע מהשייטת הבריטית בסיסים מהשייטת ואתרי נחיתה, עליו לכבוש את החוף הישראלי, ובראש וראשונה את הנמל הטוב ביותר לאורך החוף - את עכו, בירתו של אל ג'זאר. מכיוון שכך, היה המפגש בין השניים בלתי נמנע. יפו היתה רק תחנה בדרך. אבל גם מעגן הכרחי בפני עצמה.
נפוליון ביפו: ב-3 במרץ 1799 הגיע נפוליון ליפו. בשישה למרץ ערכו הנצורים גיחת פתע והצרפתים הצליחו להבריחם חזרה אל מאחורי החומות. על העיר הגן עבדאללה אגא שהיה יפואי מלידה. מכיוון שצבאות הטורקיים בעזה ובאל עריש הוכו בשטח הפתוח, החליט עבדאללה אגא להתבצר מאחורי החומות. היו לו ששת אלפים חיילים שכללו שכירי חרב אלבנים, כורדים, אנטולים, מוגרבים, סורים, מצרים סודנים וקבוצה קטנה של ממלוכים שנמלטה ממצרים מפני נפוליאון. החלק החזק בהגנה הייתה יחידת תותחנים בת אלף ומאתיים איש, שאומנה באיסטנבול תחת הדרכה צרפתית. ליחידה היו שלושים תותחים, וארבעים נוספים הוצבו על חומות העיר
נפוליאון, שרצה להימנע מקרבות מיותרים ומיהר צפונה לעכו, שלח קצין ומחצצר שדרשו מעבדאללה אגא להיכנע. עבדאללה אגא הוציא להורג את השליחים וציווה להציג את ראשיהם הכרותים מעל החומה. מה שאולי היה המניע להתנהגותם של הצרפתים לאחר כיבוש העיר. ההתקפה החלה עם אור ראשון למחרת, כשהצרפתים החלו להפגיז את חומת העיר. בשעות אחר הצהרים המוקדמות כבר הייתה הפירצה גדולה מספיק כדי לאפשר הסתערות של חיל רגלים אל תוך העיר. נפוליאון עמד בקרבת מקום, וברגע שנתן את האות להסתערות חלף כדור צלף דרך כובעו והרג את הקולונל הגבוה ממנו, שעמד מאחוריו.
. "שוב ניצלו חיי בגלל שאני נמוך", אמר נפוליאון, מביט בנקב שבכובע שהסיר מראשו.
הקרב שהתחולל במקום היה קשה וקצר. כוח צרפתי בפיקוד הגנרל לאן מפקד הדווויזיה, וסגנו, הגנרל רמבו, השתלט על בניין גבוה שניצב ליד הפירצה. סרן איימה, קצין הנדסה, חדר אל מרתף הבניין, שלא היה מקושר אל הקומות העליונות, ובעקבותיו באו חיילים נוספים. באותו זמן היה אמור כוח אחר, בראשות גנרל בון, לערוך פעולת הסחה בצפון העיר. חיילים מהדוויזיה שלו גילו סמוך לחוף הים פירצה נוספת בחומה וחדרו לעיר. חלק מהם נהרגו על ידי התושבים, והיתר נסוגו למאהל הדוויזיה ותבעו מבון לחדש את ההתקפה מכיוון שהפירצה מבטיחה חדירה לעיר. בון סייר באיזור הפירצה, אישר את מה שדיווחו החיילים והורה לתקוף. חייליו חידשו את פריצתם לעיר בעזרת סולמות ונתקלו בהתנגדות חלשה, שכן חיל המצב הטורקי היה מרוכז בגזרת הלחימה העיקרית שבדרום העיר. הצרפתים כבשו את החלק הצפוני של רובע הנמל והחלו להתקדם דרומה. כשנודע לחיילי דוויזיית לאן כי אנשיו של בון נמצאים כבר בעיר, הגבירו את לחימתם ולעומת זאת כשהתברר למגינים כי חומות העיר נפרצו בגבם, התמוטטה ההגנה והעיר נכבשה. שלושים חיילים צרפתים נהרגו בקרב הכיבוש וכמאתיים נפצעו. מחייליו של עבדאללה אגא נהרגו כאלפיים ולמעלה משלושת אלפים נישבו.
חיילי דווזיית בון החלו ברצח ובביזה. חיילי דיוויזית לאן רצו לנקום את רצח שני חבריהם שנשלחו לדרוש את כניעת העיר השתוללו ברחובות, רצחו את תושבי המקום, אנסו, בזזו, הרסו ושרפו. לפי תיאורים זרם הדם ברחובות. נפוליאון לא התערב בנעשה והניח לחייליו לפרוק את הקרבות. וייתכן שהיה בטבח מסר לתושבי ערי הארץ על האפשרויות העומדות בפניהם.
הצרפתים כדרכם היו אכזריים ומסוריים בעת ובעונה אחת. שור מביא ציטוט מפי המנתח הצרפתי הראשי לארי, שלדבריו טיפל בעשרים נשים יפואיות שנפצעו בשעת הטבח, באחד ממסגדי העיר ששימש כבית-חולים ארעי.
רבים מחייליו של עבדאללה לא נהרגו במהלך הפריצה הצרפתית לעיר והמשיכו להתגונן באחד הבניינים הגדולים של יפו. על כניעתם קיימות שתי גרסאות. האחת מספרת כי נפוליאון עצמו הסכים לכניעתם כדי למנוע שפיכת דם צרפתי נוסף. האחרת מספרת כי שני קציני מטה צעירים (שאחד מהם היה בנה של ז'וזפין, אשת נפוליאון, מנישואיה הראשונים למרקיז דה בוהארנה) הגיעו למקום וקיבלו את כניעת החיילים הטורקים בלי לקבל תחילה את אישור נפוליאון לכך. לפי גירסה זו נפוליאון נבהל כשנודע לו על הדבר, מאחר ולא היה לו כוח מספיק כדי לשמור על מספר רב של שבויים (3,235 איש), לא אמצעי תובלה להחזירם למצרים (שאותה כבש בתחילת המסע) ולא מזון להאכילם. על כן החליט להוציאם להורג - דבר לא שכיח אצל נפוליאון: לא ידוע כמעט על מקרים בהם הורה לרצוח שבויים שנכנעו בפניו.
לפי הוראת נפוליאון חולקו השבויים לקבוצות בהתאם להשתייכותם הלאומית. שמונה מאות חיילים מצרים נשלחו הביתה למצרים, מאחר שנפוליאון ראה בהם בניה של מושבה צרפתית. שחרורם נועד להרגיע את הרוחות במצרים. מאה מהם נאלצו להישאר עם הצבא הצרפתי ונועדו לשמש פועלים וחפרים שיסייעו בידי יחידות ההנדסה.
מן השבויים האחרים הוצאו כשמונה מאות המרוקנים להורג ראשונים ב-8 במרץ. ההוצאה להורג נערכה על חוף הים, קילומטר וחצי דרומית ליפו, על ידי חיילים מדווזיית בון. חלק מהשבויים קפצו לים ושחו לשוניות הסלעים הקרובות. רבים אחרים נורו תוך כדי שחייתם והאחרים נורו בידי החיילים שרדפו אחריהם ברפסודות.
למחרת, ב-9 במרץ, רצחו הצרפתים שש מאות אנשים נוספים. ביום האחרון, ה-10 במרץ, נרצחו 1,041 הנותרים, אחרי שבמשך יומים תמימים לא קיבלו כל מזון. אחדים מהשבויים, שבגלל פצעיהם לא יכלו להתקדם במהירות הדרושה, נדקרו בכידוני הצרפתים עוד בדרך למקום ההוצאה להורג. האחרים הפגינו שלוות נפש רבה על אף שידעו היטב לקראת מה הם הולכים, ונפרדו זה מזה בלחיצות ידיים. הם חולקו לקבוצות קטנות שהובלו כל אחת לכיוון אחר והומתו בדקירות כידונים על מנת לחסוך בתחמושת. הפעולה נמשכה זמן רב, על אף מספרם הרב של החיילים הצרפתים. בשלושת ימי הטבח הוציאו הצרפתים להורג כ-2,440 שבויים.
באותו זמן לא היו הדים רבים למעשה, אך ב-1803, לאחר שהתחדשה המלחמה בין צרפת לאנגליה, השתמשו האנגלים בטבח לצרכי תעמולה.
עבדאללה אגא נשאר כשבוי ורק לאחר כשלון המצור על עכו ובריחתו המהירה של נפוליון הוצא להורג כדי שלא יארגן מרדף אחרי הצבא הצרפתי שמצבו לא היה טוב במיוחד לאחר כשלון המסע הישראלי.
לאחר המצור הטיל נפוליאון על תושבי העיר שנותרו בה (רבים ברחו ממנה והעיזו לחזור רק לאחר ששב חיל המשלוח הצרפתי למצרים) לתקן את חומות העיר ולפנות גוויות מהרחובות ולקברן. כמו כן, הורה להם נפוליאון לטפל בנפגעים הצרפתים שנשארו במנזרים: על התושבים היווניים הוטל לטפל בפצועים, ועל הארמנים והקתולים – בחולי הדבר.
מגפת דבר פגעה בצבא הצרפתי מייד לאחר הכיבוש והטבח. הרופא הראשי של חיל המשלוח הצרפתי, דה-גנט, ניסה להסתיר מהחיילים את המחלה. הוא ארגן שני בתי-חולים, האחד לפצועים הצרפתים במנזר היווני שליד הנמל, והאחר לחולי הדבר, במנזר הארמני שלידו. כמאתיים חולי דבר נשארו ביפו, נוסף לחיל מצב קטן של כמאה וחמישים איש, כשהמשיך חיל המשלוח הצרפתי בדרכו צפונה, לעכו.
מפקדי הצבא חששו מהנזק המוראלי שייגרם לצבא אם ייוודע לחיילים על מגפת הדבר. הם נמנעו מלנקוב בשמה ואף העמידו פנים כי אינה מדבקת. דה-גנט הזריק לעצמו חומר מאבעבועות המגפה, במעמד פומבי, כדי להרגיע את חששותיהם ולהוכיח כי אין חשש הידבקות. הוא לא נדבק. מזל או מקרה – הוא חוסן בדרך הזו למרות שהזמן היה קודם גילוי החיסונים.
נפוליאון עצמו ביקר, בלוויית אנשי מטהו, במנזר הארמני כדי להפגין כי המחלה לא מדבקת. הוא אף סייע לשאת את גופתו של חייל נגוע ולמזלו הטוב, לא נדבק.

יפו מתעוררת. ראשית המאה ה-19

אחרי נסיגת הצרפתים חזרו הטורקים לנהל את יפו והעיר עברה גל של בנייה מחודשת וחיזוק חומות הים בעזרת הצבא הבריטי בראשות גנרל סידני סמית. מושלה של העיר באותה תקופה היה אבו נבוט (מחמוד אגא – אבו נבוט – אבי האלה 1810-1820) –שליחו של הוואלי שלצידון שהשכיל לנצל את השקעות הסולטן בפרובינציה שנדמתה עד אז ללא חשוב כדי לבנות את מסגד המחמודיה (הקרוי על שמו), את הסארייה וסידרה של סבילים (רהטי שתיה) מפוארים כדי לחזק את השילטון המרכזי במה שהיה לנמל המרכזי של הארץ.
אבו נבוט - מוחמד אבו-נבוט נולד בשנת 1770 בקווקז, והיה ממוצא צ'רקסי או גיאורגי. (לפי אחד המקורות היה אבו נבוט ממוצא אלבני וברח מביתו משום שאנס את אשת אחיו) אם כי יכול להיות שכרבים מנערי הקווקז, הובא לאיסטנבול בנערותו ונמכר כ"ממלוכ" (מקנת המלך), לאל - ג'זאר, מושל עכו (1775 - 1804). מחמוד הוכיח כישרונות נהוליים בולטים ובשנת 1807 מונה למות'סארף (מושל) יפו, בדרגת אגא. בתפקידו זה היה כפוף לעתים לוואלי של דמשק, ולעיתים לוואלי של עכו (או צידון) סולימן פחה (כניראה שהיה יד ימינו של סולימן פחה – מחליפו של אל ג'זאר שגידל אותו ומפה מקור כוחו). הוא שימש מושל יפו כ- 15 שנה ועם השני פרש את שילטונו כפחה על מחוזות ירושלים ועזה.
אבו נבוט, חניכו של אל ג'זאר, היה מנהל מצויין וחד משמעי. מספרים שהעונש הקל שנהג להטיל היה כריתת יד. אכזריותו עשתה לו אוייבים רבים, וב- 1830 נאלץ להימלט למכה (ייתכן משום מסע הכיבוש של מוחמד עלי שעלה ממצרים לכבוש את ארץ ישראל בדרכו להדיח את הסולטן). לאחר שעזב הארץ היה למושל אלכסנדריה, סלוניקי ודיארבקיר.
אבו נבוט היה הבולט מבין מושלי יפו ואפשר בקלות לראות בו את אביה של יפו כפי שהיא מוכרת היום ניהולו התקיף שהקים לו אוייבים, זיכה אותו גם באהדת הציבור שראה את פעלי הציבור שלו. על פי דבריו של נוסע צרפתי ב- 1831: "תושבי יפו מצטערים צער רב על עזיבתו והם אוהבים אותו כאילו היה אבי העיר החדשה". ובצדק. הוא אביה של יפו החדשה ונתן לה את רוב מה שיש לו ערך (לפחות תיירותי בכיכר המרכזית שלה).
אבו נבוט שיקם את חומות העיר ובנה בתים חדשים כשהוא שודד אבנים מקיסריה ואשקלון. הוא בנה שער יחיד (לכוון היבשה), שרק דרכו ניתן היה להיכנס העירה והציב בו משמר מצויד בתותחים. לשער שתי קשתות ומעליהן שלוש כיפות ואין דרכו מעבר ישר על מנת להאט את הנכנסים ולשלוט בהם. השער נקרא על שם באב אבו נבוט. או שער ירושלים (עדיין נמצא).
לביצור העיר הוסיף תעלת מגן ושלוש מצודות קטנות - שתיים לאורך החוף: בקצה הצפון מערבי של העיר, בקצה הדרום מערבי ובשער העיר.
הוא שיקם את הנמל, חיזק את המזח ואת שוברי הגלים והקים בית מכס. מאחר והיה גם בעל אוניות, היה שיפוץ הנמל והפעלתו הריווחית אינטרס ראוי. הוא בונה חומה לכוון הים שנועדה להגן על סחורות במחסנים בנמל ובקרבתו.
בין 1812 - 1814 בנה אבו נבוט מחדש את מסגד מחמודיה ("ג'אמע' מחמודיה") , המסגד החשוב ביותר ביפו עד היום ויש הסופרים אותו כמסגד השלישי בגודלו בארץ (אחרי מסגד עומר בירושלים ומסגד אברהם בחברון) אם כי ייתכן שביופיו אפשר להציב אותו במקום השני. המסגד עוטר בעמודים שהובאו מקיסריה ואשקלון, וניתן למצוא בו כותרות בשימוש משני. לידו ניבנה "חאן אל-קמח" עבור עולי הרגל ומבקרים.
בכל המכלולים שבנה אבו נבוט: מבני ציבור, דת, מתקני שתייה, מערך דרכים, נמל, מזחים וביצורים, ניכרת המחשבה השילטונית המאורגנת והמסודרת שלו שנפרשה מהים ולפחות עד לגבולותיה של יפו שהיו באותה תקופה באזור אבו כביר ששם נימצא הסביל המזרחי שבנה.
מדרום למסגד הוקמו השווקים והפכו את רחבת המבוא של יפו למרכז השילטוני החדש, ממנו יצאו התהלוכות הדתיות המוסלמיות. מאוחר יותר, במהלך החלק הראשון של המאה ה- 20 היה אזור הסאריה החדש לב הפעילות הלערבית הלאומנית וההסתה האנטי יהודית.
הניהול המוצלח של העיר הביאו להתפתחותה המואצת שהשתלבה בנסיבות המאה ה– 19, או אולי הכינו ונתנו בסיס לעליות הדתיות והחברתיות השונות שהחלו לזרום לארץ בחלק השני של אותה מאה.

יהודים בחצי הראשון של המאה ה-19: אוכלוסייה יהודית החלה להשתקע בשנים אלו ביפו. בשנת 1820 קנה יהודי עשיר מאיסטנבול - ר' ישעיה אג'ימן, מגרש שעליו עמד בית דו קומתי ששימש כאכסניה לעולי הרגל המגיעים ליפו שפעלה כנראה רק מ 1825. על אף שהיו שהקדימו אותו ביישוב יפו, הייתה רכישת הבית על ידיו ראשיתה של ההתיישבות היהודית המאורגנת בעיר בזמן המודרני. כאן ישב ר' יהודה הלוי מרגוזה (דוברובניק), וזה היה בסיסה של הקהילה היהודית שהלכה והתרחבה. רוב המשפחות היו מוגרביות, כמו שלוש. בין 1838 ל- 1841 הגיעו מספר משפחות יהודיות מצפון אפריקה. הקהילה גדלה גם מהגירה פנימית של יהודים מחברון וירושלים שנמשכו אל העיר המתפתחת.

הנוסע יהודי ר' דוד ד'בית הלל שעלה לארץ מוילנה כתב בשנת תקפ'ג- פ'ד (1823-1824) :
" יפו היא עיר על שפת הים התיכון ובה קונסול אנגלי וקונסול צרפתי. היא עיר גדולה ויפה מאד ומוקפת חומה, ובה מים טובים מאד ופירות משובחים. אני בעצמי לא הייתי בה, אבל ראיתי את פירותיה, והם תפוחי זהב ולימונים שכל אחד מהם גדול מאגרופו של אדם. הם בזיל הזול. והאבטיחים גדולים מאוד וביניהם אבטיחים שאין איש אחד יכול לשאתם. הם אדומים ומתוקים כמיני מתיקה. אין יהודים יושבים ביפו. כמעט מחצית התושבים נוצרים הם. כל יהודי או נוצרי הבא לשם בפעם הראשונה בדרכו ירושלימה חייב לשלם חמישים גרוש לסוכן עדתו שבירושלים, מלבד אירופי או שיש בידו פקודה מהשלטון או הפחה… מושל יפו הוא בדרגת מתסלם הכפוף לפקודת הפחה מעכו."

מצרים : בין 1840-1831 כבש מוחמאד עלי המצרי (אלבני במוצאו שמייסד את שושלת מלוכה עצמאית במצרים שנימשכה עד המלך פרוק ב-1952) את ארץ ישראל במסעו לכיבוש האימפריה העות'מנית. הוא הופך את יפו לבסיס צבאי וימי. שנים טובות לעיר. השליט המצרי אברהים פאשה נטע בסביבת העיר פרדסים שהעיר הייתה ידועה בהם במשך שנים רבות, ושהפכו לסמלה. (היום נשאר מהם אחד, סימלי, תלוי בין שמים וארץ לא פה ולא שם, בעיר העתיקה).

עולים חדשים : במאה התשע עשרה גדלה אוכלוסייתה של יפו ויחד איתה האוכלוסייה היהודית.
משנות ה 40 של המאה ה 19 התגבשה ביפו קהילה יהודית עצמאית, שהיתה שונה מקהילות יהודיות אחרות בארץ שחיו על כספי החלוקה. ביפו ישבו מספר משפחות בעיקר ממוצא צפון אפריקאי – שלוש, אמזלג שחיו מעמל כפיים (מסחר ובנקאות). יש הרואים בגרעין המשפחות הזה את ראשיתו הישוב החדש. גם קרל נטר מגיע לכאן ורוכש קרקע ליד יפו. יפו הופכת לבסיסם של מייסדי מושבות הדרום – מפתח תיקווה ועד קסטינה. משה מונטיפיורי (הגביר) ביקר בעיר מספר פעמים, ובשנת 1855רכש פרדס, על מנת לספק תעסוקה ליהודים תושבי יפו.
באותה המאה מתיישבים בעיר אמריקאים (ראה מושבה אמריקנית), גרמנים (ראה ולהאלה), בריטים ורוסים (ראה אבו כביר) המגיעים מתוך מניעים דתיים ושיקולי תועלת של מעצמות אירופה ביחס לירושה התורקית - "האיש החולה של אירופה". העיר הופכת למרכז גדול ויצוא תפוזים. ספינות קיטור הגיעו לנמל (לא ממש פנימה אלא כקילומטר מהחוף וסירות היו מובילות את הנוסעים, העולים והמטען דרך הסלעים אל המזח).
בין העולים הגיעו נוצרים מכת הטמפלרים – אנשי המקדש.
בשנת 1865 נחנך הנמל המודרני הראשון בא"י - ביפו, וכן הונח קו טלגרף. משנה זו ועד אוק' 33, מועד פתיחת נמל חיפה, שימש נמל יפו שער לעליה, מסחר וצליינות לא"י. לכאן היגיעו אנשי עליות 1-3.
ב-1869- נפתחה תעלת סואץ, וגבר ערכה האסטרטגי של א"י. בשנה זו נחנך הכביש הראשון בא"י: יפו - ירושלים,
בין 1868-1879 גדל מספר תושביה של העיר עד שהיה צורך בהריסת החומות.
זו התקופה בה נשפכת העיר העתיקה צפונה לכיוון נווה שלום, שבזי ונווה צדק היהודיות ודרומה על רכס הכורכר לכיוון השכונה המרונית (שבה נמצא החומוס של "אבו חסאן"), עג'מי וג'בליה.
העיר שתמיד איכלסה אוכלוסייה מגווונת המשיכה בתערובת הלבנטינית שלה עם: פרנציסקנים, ארמנים, יוונים, קתולים, פרוטסטנטים, מרונים, מוסלמים ויהודים.
הקהילה היהודית של יפו היתה עצמאית ויצרנית ולא ניסמכה, כמרבית הישוב הישן על כספי החלוקה. ביפו, נוצרה קהילה משותפת של אנשי עליות הראשונות ובני היישוב הישן.
ישיבת ועד חלוצי יסוד המעלה ביפו (החל מ 1882) היתה גם במטרה לתפוש את האנשים עוד ברדתם מן האוניה, וכן למנוע תחרות (כמו עם אגודות אחרות של חובבי ציון) על רכישת קרקעות, כדי שלא יעלו המחירים.
מ- 1882 עד 1921 הפכה יפו למרכז הישוב היהודי המתחדש. כאן ישבו משרד א"י, ועד חלוצי יסוד המעלה וכו'.
זו הסיבה שכאן קמה הגימנסיה העברית הראשונה. לא תמיד היו יחסים טובים בין העדות. רק ב 1891 הוקם ועד משותף לכולן. היה להם קשר גם עם יהודי עזה.
באותה תקופה (1886 על פי שלט הרחוב המצוי עד היום בפינת רחוב הדואר) התפתח רחוב בוסטרוס – (המשכה של דרך אילת) כרחוב המזין אל השוק של יפו שהיה מול שער ירושלים מה שיהפוך בראשית המאה ה-20 לכיכר השעון. לאורך רחוב בוסטרוס נבנו בתי המלון שהיו פחות או יותר באמצע הדרך בין הנמל (בשנים אלו היה נמל יפו השער לעולי העליות הראשונות לארץ) לתחנת הרכבת שכן סלילת קו הרכבת בין יפו וירושלים חיזקה את יפו והפכה אותה לעיר הראשית בארץ.
החלק העליון של הרחוב נודע כרחוב אסכנדר עוואד- סוחר מרוני שבביתו נוסדה בראשית המאה ה-20 הגמנסיה העברית הרצליה.

רכבת מיפו לירושלים

ב - 1892 נחנך קו הרכבת הראשון בארץ הקודש. יוסף נבון, סבא של יצחק נבון- הנשיא החמישי ( 1978-1983) של מדינת ישראל, יזם את הקו. הוא נסע לחצר הסולטן הטורקי בקושטא וקיבל אישור לחבר את יפו וירושלים במסילת ברזל. בנו תחנה ביפו, תחנה בירושלים ועוד תחנות שירות באמצע. האגדה מספרת שאת הרכבת לירושלים בנו המהנדסים בדרך הנחמדה שיש – הם לקחו צמד חמורים ונתנו להם להתפתל בעליות משער הגיא לירושלים. כי חמור הוא אמנם חמור אבל מכיוון שכך הוא ימצא את הנתיב הקל ביותר. וכך, הולכים או רוכבים על החמורים, עקבו המהנדסים אחרי החמורים והגיעו בציר בו מתפתלת היום המסילה לירושלים.
אם כי הדרך לא היתה מהירה כל כך ופיתוח הקו ובניתו נמשכו 7 שנים. בשנת 1885 ניסה נבון לזכות בזכיון לבניית מערכת הרכבות בארץ-ישראל. תהליך פיתוח הפרויקט תואר על-ידי דודנו, יוסף אמזלאג, בזכרונותיו. אמזלאג ונבון נפגשו עם המהנדס ג'ורג פרנג'יה בירושלים. פרנג'יה אמר שאפשר לבנות מסילת ברזל בהשקעה של לא יותר מ- 400,000 ליס"ט, ולהרוויח. נבון סיכם עם פרוטיגר להשיג מהממשלה העות'מאנית את הזכיון לבניית המסילה ולמכור אותו ברווח. לצורך זה הכין סקר סטטיסטי של ההכנסות מן הכביש בין ירושלים ליפו.
פרנג'יה הכין את התוכנית הנחוצה תמורת 200 ליס"ט. אמזלאג הצליח לקבל את תמיכתו של הקונסול האנגלי בירושלים, נואל טמפלר מור, לתוכנית. עד מהרה זכה גם בתמיכתם של הקונסולים האחרים. נבון קיווה לזכות גם בתמיכתו של כאמל פאשא, שר עות'מאני בפרובינציה - בין השאר הודות לידידותו עם מוסה פאשא אל חוסייני, שבנו נשא לאישה את אחייניתו של כמאל פאשא. לפני שיצא לקונסטנטינופול הציע נבון לדודנו שותפות בפרויקט תמורת השתתפות בהוצאות אלא שאמזלג ויתר על ההזדמנות ועל המסע לקונסטנטינופול שהיה כרוך בה .
אחרי שלוש שנים של משא-ומתן קיבל נבון ב-28 באוקטובר 1888 מן השער העליון בקונסטנטינופול זכיון ל-71 שנים לבניית מסילת רכבת מיפו לירושלים ולהפעלתה. הוא קיבל גם אופציות להרחבת הקו לעזה ולשכם נבון לא היה היחיד שקיבל זכיון לבניית מסילת רכבת בלוונט באותה התקופה. שכן הסולטאן היה מעוניין בפיתוח קשר רכבות בין מצרים לאסיה הקטנה .
פרוטיגר השקיע כספים רבים בפרויקט הרכבת, ונתן הלוואות גדולות לנבון. אלא שנבון לא הצליח להשיג גיבוי כלכלי מספיק בארץ-ישראל, ולכן נסע ללונדון ולפריס בתקווה שיצליח לגייס כספים בקרב היהודים המכובדים שם. הוא קיבל הלוואות אישיות בריבית גבוהה, דבר שהכביד מאוד על מצבו הכספי . ה'ג'ואיש כרוניקל' דיווח בשנת 1889 על נסיונו להשיג תמיכה: 'נאמר שמר נבון נחל הצלחה בלונדון ובערים גדולות אחרות במערב אירופה והשיג את הכסף הנחוץ למסילת הברזל החזויה שלו' .
בסופו-של-דבר מכר נבון את הזכיון, בשנת 1889, לחברה צרפתית, בעבור מיליון פרנק (כ-40,000 ליס"ט). נראה שלא עלה בידו לגייס את הכספים הנחוצים כדי להמשיך בביצוע העבודה בעצמו. הוא ופרוטיגר המשיכו להחזיק בחלק מן המניות. ב-29 בדצמבר 1889 הקימו המשקיעים את 'חברת הרכבת העות'מאנית מיפו לירושלים וסעיפים'.
הסקר לתכנון התוואי החל באוגוסט 1889. הסקר והבנייה התבצעו על-ידי 'החברה הפריסאית לעבודות ציבוריות ולבניין' (La Compagnie des Travaux Publics et Construction de Paris). בתמורה לביצוע העבודה התחייבה 'חברת הרכבת העות'מאנית מיפו לירושלים וסעיפים' לשלם לחברת הבנייה עשרה מיליון פרנק (כ- 400,000 ליס"ט) במניות ובהתחייבויות, וכן להעניק לחברת הבנייה את הזכות להפעיל את הקו במשך חמש שנים. בשל קשיים בהתקנת המסילה בסביבת ירושלים היה צורך במשאבים נוספים, ובשנת 1891 דיווח 'חבצלת', שנבון משך משקיעים נוספים מבלגיה, שוויצריה וגרמניה.
בניית המסילה הסתיימה באוגוסט 1892, וב-26 בספטמבר היא נחנכה באופן רשמי. המסילה בת 87 הקילומטרים החלה ביפו, עברה 176 גשרים, 7 מהם בנויים ממתכת, ולאורכה היו תחנות בלוד, ברמלה, בסאג'ד, בדיר אבן ובבתיר והתחנה האחרונה בירושלים. נבון עמד במרכז חגיגות החנוכה שנערכו בנוכחות שליח מיוחד מטעם הסולטאן, מושל ירושלים, הקונסולים בירושלים ועיתונאים רבים. על תפקידו בהקמת מסילת הברזל מיפו לירושלים זכה נבון בתואר ביי, שהעניק לו הסולטאן עבדול חמיד השני, וכן באות לגיון הכבוד הצרפתי.
נבון הציע ב- 1893 תוכנית לבניית נמל מים עמוקים ביפו, עכשיו כשיש רכבת – כדאי גם נמל מודרני לפיתוחה של יפו (ואת תרומתו להצלחת מסילת הברזל ולרווחיותה), הטיל נבון על המהנדס פרנג'יה לבצע סקר מפורט ולתכנן את הנמל המוצע. העלות המוערכת היתה 4.5 מיליון פרנק (כ-180,000 ליס"ט), והרווח השנתי הצפוי היה 420,000 פרנק (כ-16,800 ליס"ט). נבון מעולם לא זכה בזכיון לביצוע פרויקט זה . לעומת זאת, הצליח נבון לקבל יחד עם פיליפ אפנדי מילהאמה מקונסטנטינופול זכיון לשימוש אינטנסיווי במימי הירקון (1894). הפרויקט נועד למצוא מים זולים להשקיית פרדסי ההדרים וכן לספק מים וחשמל ליפו כדי לפתח את העיר ואת הנמל ואת התעשייה שבה.

מלונאות

בשנת 1895 היו ביפו כשמונה עשר אלף תושבים, מהם כשלושת אלפים יהודים. באותה העת התיישב בעיר הברון הרוסי פלטון פון יוסטינוב, ופתח בה בית מלון בשם: "דו-פארק" . הברון יוסטינוב היה נוצרי שהסתפח לטמפלרים (סבו של השחקן הבריטי פיטר יוסטינוב). תפארתו של המלון הייתה על הגן ובו מעיין נובע מים שזרמו בתעלות בין הצמחייה. קופים ותוכים הובאו לגן ממקומות שונים בעולם, ובחצר היה גם אוסף פריטים ארכיאולוגיים. המלון פעל עד פרוץ מלחמת העולם הראשונה ב-1914 תחת ניהולו של הברון, ואחר כך, משך עשר שנים נוספות, תחת הנהלות שונות. ב-1926 הוא הפך לבית ספר תיכון אנגלי לבנות ופעל במתכונת זו עד מלחמת העצמאות. ב-1980 נוסדה במקום אכסניית "בית עמנואל‭,"‬ המשמשת אורחים נוצרים עד היום. מהגן המפורסם של הברון יוסטינוב שרדו עץ פיקוס עתיק ואוסף הממצאים הארכיאולוגיים.

באוקטובר 1898 ביקר בנימין זאב הרצל ביפו, ושהה באכסניית קאמיניץ בלילה שקדם לפגישתו עם הקיסר וילהלם השני. אכסנית קאמיניץ היתה הסניף היפואי של המלון שנוהל על ידי משפחת קאמיניץ הירושלמית והוקם ביפו ב-1884 בשם "הוטל פלסטינה יפו" ברחוב בוסטרוס (רזיאל 7 , ב-1898 הגיע לביקור בארץ ישראל הקיסר וילהלם השני. מלון ירושלים (שהוקם על ידי האחים דריסקו, מקבוצת הנוצרים האמריקאים ואלו עם עזיבתם ב-,1869 העבירו את ניהולו לארנסט הרדג, מי שהיה סגן הקונסול האמריקאי ביפו . במלון שנבנה ליד מלון דו פארק, לא סומנו חדרי המלון בשיטה המסורתית של מספרים אלא בשמות שבטי ישראל, וכשהוא התרחב נוספו גם שמות הנביאים ומבשרי הנצרות.) ומלון דו-פארק נערכו ברוב פאר והדר לאירוחו. הקיסר בחר לבסוף בדו-פארק והאכזבה של בעלי מלון ירושלים הייתה כה גדולה עד כי הוחלט להעניק להם פיצויים על הטירחה המיותרת.מול שני בתי-המלון התמקמו משרדי חברת הנסיעות הבינלאומית של האחים קוק- הראשונה שהוציאה תיירות מאורגנת לארץ ישראל.

המאה העשרים

ב-26.7.1903 נפתח ביפו סניפו הראשון של: "בנק אנגלו פלשתינה" (יהפוך ל"בנק לאומי").
היחסים בין יהודים לערבים היו תקינים החל מ 1820 ועד מאורעות פורים 1908. מאז הדרדרו הייחסים עד 1921. ביפו, בניגוד ליתר הערים יהודים לא חיו ברובע משלהם, אלא חיו בקרב האוכלוסיה הערבית והנוצרית. היו עסקים ביניהם וגם עסקים משותפים.
ב- 1908 היתה מהפכת הטורקים הצעירים בתורקיה. המהפיכה גרמה לגל של מעשי איבה נגד יהודים. באותה תקופה החלו להתפרסם עיתונים אנטי ציוניים, וביניהם "פלשתין", שיצא ברח' יפת 28. לא רק על ידי המוסלמים אלא גם על ידי נוצרים.
ב-1909 נוסדה שכונת אחוזת בית (מה שאולי לא מפריע לאור המתח שנוצר ביפו), והופכת לתל אביב בחולות מצפון ליפו ובתהליך לא ארוך של פחות מארבעים שנה, הופכת יפו, העיר העתיקה, לעיר בת לתל אביב הצעירה, כשאוכלוסייתה מגיע לפחות ממחצית אוכלוסיית תל אביב עם קום המדינה (220,000 אלף מול 100,000, בהם 30,000 יהודים שרובם נמצאים בשכונות היפואיות של שבזי ונווה צדק). התהליך בכללותו, דומה לתהליך שעבר על עכו, העיר הקדומה האחרת שהצליחה לשרוד דרך תהפוכות ההסטוריה עד לקום המדינה. ירידתה של עכו ונמלה קשורים בהקמת נמל חיפה על ידי הבריטים, נמל שבניינו נשלם באמצע שנות השלושים של המאה העשרים. הקמת נמל תל אביב והעברת חלק מהמסחר אליו פחות או יותר באותה התקופה גם הוא לא תרם לצמיחתה של יפו.
העיר גדלה מ - 2000-2500 איש בימי אבו נבוט לעשרות אלפים. תהליך השפעת חדירת המעצמות נעצר ב 1914, עם פרוץ מלה"ע ה-1 והתחדש בכל עוזו עם הבריטים ב-1917.
בפרוץ מלחמת העולם ה-1 (1914) היו ביפו כארבעים אלף תושבים, רבע מהם (כ-10,000) יהודים. העיר היתה העיר המרכזית בארץ עם אכסניות לעולים, פרדסים ששמם יצא בכל רחבי הים התיכון, נמל שייבא אנשים וייצא תפוזים, ותנועה המתמדת של תיירים. עם פרוץ המלחמה היו בתל אביב כאלף איש.
שליט העיר התקיף והחד משמעי היה הד"ר חסאן בק. מי שמקים את מסגד חסאן בק (1914) ואת שדרות ירושלים (חסאן פשה , קינג ג'ורג' 5)
בשלבים המאוחרים של מלחמת העולם ה-1 נשלח מוסטפה קמל – מי שכונה לימים "אתא תורק" – אבי הרפובליקה הדמוקרטית הטורקית שהגיחה מהריסות האימפירה, על מנת לעצור את אלנבי.
הוא עשה את זה בכישרון רב והצליח להסיג ולהציל את הצבא הטורקי עד לקו שמצפון לביבלוס. אבל עם הצלת הצבא הוא וויתר על ארץ ישראל ועל יפו.

בריטים : ב- 1917 נכבשת העיר על ידי הבריטים.

אימפריה מחליפה אימפריה. היהודים רואים בבריטים את משחרריהם ומגשימי התיקוות הלאומיות מה גם שהצהרת בלפור מגבה בית לאומי. מנגד מתפתחת תנועה לאומנית אנטי יהודית אצל הערבים כבר ב-1921 יש פרעות ביפו שתוצאתן 43 יהודים הרוגים (בינהם סופר חיים ברנר) ולמעלה מ-200 פצועים.
פרעות: 1.5.1921, רצח חיים ברנר. על דלת בית העולים הקיש קצין ערבי במשטרה הבריטית בשם תופיק ביי, וכשנפתחה הדלת, פרץ פנימה המון ערבי. תוך דקות נרצחו 13 ונפצעו 26. בעקבות ארועים אלה ננטשה יפו כמעט כליל מיושביה, ו -15000 איש (היהודים היוו ב-1921 שליש מאוכלוסית יפו) עברו לחיות בחולות ת"א, תחת כפת השמים. מה שנתן את הדחיפה העיקרית להתפתחות תל אביב ואת הפיכתה למרכז העירוני הכלכלי והתרבותי של היישוב היהודי בארץ ישראל. בעקבות מאורעות אלה הציע הרברט סמואל, הנציב הבריטי, להפריד את ת"א מיפו. הערים הופרדו בסדרת הסכמי ביניים בין 1922 ל- 1927. יפו (כולל נוה שלום) נותרו לחוד, ות"א - עיר עברית. הבריטים הם שקבעו כי הצועת החוף התל אביבית תהיה בין שפך הירקון עד אלנבי - שכ' מחלול.
מהלך זה הביא להקמת בסיס מסחרי חדש באזור רח' נחלת בנימין ובאזור התחנה המרכזית בת"א, כתחליף לשוק א- דיר ורח' בוסטרוס.

המאורעות היו בעצם ראשית שקיעתה של יפו והעלייה הגדולה של תל אביב שכן רוב תושבי יפו היהודים עזבו אותה ועברו לתל אביב. תוצאת המשנה היתה שיפו הפכה למרכז הערבי לאומני של ארץ ישראל.
בשנת 1921 (בעקבות הפרעות) העביר בנק אנגלו פלשתינה את עסקיו לתל אביב שיוסדה על רכס הכורכר המרכזי מעל לקציה של שכונת נווה צדק – בלב אזור החולות הלא עביר שאנשיים נמנעו לשבת בו במשך ההיסטוריה בגלל שלא היו לו שום ייתרונות ונוחות.
מאותה תקופת שבין הכיבוש הבריטי של ארץ ישראל וקום מדינת ישראל התקבעה בתודעה הערבית המקומית יפו כמרכז ההוגה החי והלאומני של ערביי הארץ, מכיוון שהעיר הגיעה לשיא כוחה עושרה ומרכזיותה בפעם הראשונה בעצם שהעיר הופכת לעיר המרכזית בארץ ישראל עם אוכלוסיה של כ-100,000 תושבים (77,000 ערבים, השאר יהודים בשכונות היפואיות נווה צדק ושבזי- כ-10% מהאוכלוסיה הערבית של פלשתינה א"י) וכניראה שמתקופה זו נובע גם השם כלת פלשתין ("ערוס אל פלשתין") שנתנו לה ערביי הארץ.
תקופתה הגדולה של יפו שמתחילה עם אבו נבוט בראשית המאה ה-19 מגיעה לשיאה עם הכיבוש הבריטי, שומרת על קו מסוים עד לתבוסתה עם קום מדינת ישראל.
ועם זאת, נדמה שהמאורעות האיצו את ההחלטה הבריטית על הקמת נמל צבאי עמוק מים מודרני ומוגן איסטרטגית בחיפה. הקמת הנמל והתפתחות העיר ואזורי התעשייה שלידה הפנו את ההשקעות צפונה ובעוד תל אביב מתבססת כבירה עסקית התבססה חיפה (היהודית בעיקרה) כאזור התעשייה של הארץ בעוד יפו נשארת כמרכז מסחרי אזורי לכפרי האזור ולייצוא פרי הדר.

המרד הערבי 1936-1939

המרד הערבי (מאורעות תרצ"ו) פרץ ביפו ב-19 באפריל 1936בעקבות שמועות שהופצו ברחוב הערבי על טבח שערכו היהודים בערבים. המון ערבי נזעם נאסף ליד הסראיה. למרות שגם נציב המחוז וגם האימאם של המסגד הגדול הכחישו את השמועות. ביפו הותקפו יהודים עוברי אורח ובמקומות עבודתם. גם תושבי השכונות שבגבול תל אביב ויפו: נווה שלום, שכונת שפירא ושכונת התקווה הותקפו בבתיהם ומן המארב. תשעה אנשים נהרגו ואחרים נפצעו. בין הנרצחים ביום הראשון למאורעות היו אליעזר ביצ'וצקי, שותף בבית חרושת לגזוז שהלך ליפו לרגל עסקיו, חיים פשיגודה בן 23, פקיד במשרד עורך דין, יצחק פרנקל, רפד מכוניות במקום עבודתו, שני טייחים, אביגדור קופרמינץ וחיים קרונפלד שעבדו בבניין ביפו, ודוד שאמבאדאל שעבד בבית קפה ערבי. מכוניתו של יוסף חיים זליקוב, מבעלי בנק מוריה, נרגמה באבנים ע"י המון פרוע בדרך כביש אבו-כביר, והוא נפצע ונפטר למחרת. למחרת חודשו ההתקפות ונהרגו שבעה יהודים נוספים. במהלך השנה נמשכו היריות וההתקפות על יהודים ביפו ובתל אביב. הישוב הזדעזע מרצח שתי האחיות מרתה פינק ונחמה צדק בדרך לעבודתן בבית החולים ביפו. ב-16 באוגוסט זרק ערבי פצצה מקרון רכבת על אנשים ברחוב הרצל, ודוד אלבלה, ילד בן שמונה, שהיה בדרכו לבית הספר נהרג, 20 אחרים נפצעו.
אירועים אלה היו התחלת מה שכונה אצל היהודים "מאורעות" או "המרד הערבי הגדול" בפי הערבים. המרד כוון בעיקרו נגד הבריטים והתבטא לא רק בהתקפות על יהודים אלא גם בשביתה כללית ופגיעה בבריטים. במסגרת השביתה הכללית הושבת גם נמל יפו למשך ששה חודשים, דבר שנתן תמריץ לפתיחת נמל תל אביב וכן להתפתחותו של כוח המגן היהודי בעזרתו של אורד וינגגייט ופלוגות הלילה שהניחו חלק נירחב מהיסודות לצה"ל.
המרד השאיר את רישומו ביפו העתיקה שכן כיכר קדומים – כל השטח החשוף והמרוצף, נפתח ע"י הבריטים במבצע "עוגן". עם הכיבוש הבריטי הוגדר קו גבול פוליטי בין השכונות היהודיות והמוסלמיות. דאר אל יהוד וצפונה – שכונות היהודים, דרומה – עג'מי והשכונות המוסלמיות.
מתחם הקסבה הצפוף לא איפשר לבריטים שליטה בעיר ולכן פוצצו 237 בתים – על מנת לפרוץ נתיבי תנועה למכונות המשוריינות. כך גם הופרדו השכונות הנוצריות מהקסבה.
הנתיבים שנפרצו ניראים מהאוויר כעוגן ולכן כונה המצבע מבצע עוגן. נתיבים אלו הם דרכי המעבר המודרניות של העיר העתיקה מאז.
ב- 1936 החלה שביתה בנמל יפו. אלא שהשביתה פגעה בעיקר במגדלים ובסוחרים הערבים. שכן הבריטים החליטו לשבור את השביתה בכוח והיהודים החליטו (בגיבוי בריטי) להקים את נמל תל אביב על מנת ליצא באופן עצמאי את פרי ההדר שגודל במושבות.

ישראל :

ב-1948 מנה הגוש של תל אביב ויפו כמעט את אותו מספר תושבים שהוא מונה היום – 220,000 בתל אביב וקצת פחות מ-100,000 ביפו (כולל השכונות היהודיות של נווה צדק ושבזי). אם כי המשקל באוכלוסיה השתנה משמעותית שכן ב-1948, ערב הכיבוש, חיו ביפו כ-77,000 לא יהודים (מוסלמים, נוצרים ואחרים). היום חיים ביפו כ-20,000 מוסלמים נוצרים ואחרים).
לשם השוואה, באותו זמן חיו בירושלים רבתי כ-180,000 אנשים, חציים יהודים וחציים ערבים.
יפו נכבשה על ידי כוחות של ההגנה והאצ"ל בשבועיים שקדמו לקום המדינה ורוב אוכלסיתה הערבית נמלטה ממנה.

כבוש יפו

באפריל 1948 הוחלט בארגון האצ"ל לכבוש את יפו. השלב הראשון היה כיבוש מנשייה (שהגיעה עד לאופרה שבמפגש הרחובות אלנבי והירקון וע לחצי שוק הכרמל). באבדות לא מעטות. זמן קצר לאחר מכן יצאה ההגנה במבצע חמץ ( .1948 .28.4 - 3.5 , מבצע שלא נועד לכבוש את יפו, אלא לכתרה על ידי כיבוש הכפרים מסביבה.
האצ"ל המשיך במסצע אינטנסיבי והפגיז את העיר ושכונותיה גורם לחלק מכוחות צבא ההצלה של קאוקג'י להימלט, ולמרבית תושביה להימלט דרך הים. יפו נכנעה. מ- 50000 תושבים נותרו כמה מאות שהצטברו לכדי 3000 לאחר שנאספו תושבי כפרי הפריפריה (סלמה, אוב כביר, יהוד, בית דג'ן, שייח מוניס) ורוכזו ביפו.
ב- 1949 הוסר הממשל הצבאי מן העיר והיא הפכה ל"מינהל יפו" במסגרת עירית תל אביב. בראשית שנות החמישים אוחדו שתי הערים, לעיר ששמה יפו תל אביב. במהלך שינוי השם היה וויכוח בין דוויד בן גוריון לאנשי האסיפה המכוננת. בן גוריון היה מאלו שרצו לקבוע את שם העיר ליפו משום שתל אביב היא רק שכונה של העיר. לבסוף החליטו הנו